投稿時にカテゴリを選択できますが登録されているはずのカテゴリが表示されない場合があります。
またコピーして記事を作った場合に表示されないカテゴリがチェックされたままになる事があります。
これおそらくはカテゴリ関連のプラグインの影響でよくあるケースがカテゴリを並び替える「Category Order and Taxonomy Terms Order」の自動更新による影響が大きいかなと。
解消するには一旦無効化してから再度有効化すると直る場合があります。
これ以外のプラグインの影響もありえるので上記で解消しなければ、全プラグインを無効化して一つずつ有効化しながら検証するのがよろしいかと。
【wordpress】投稿画面で一部カテゴリが非表示になる場合